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La méthode utilisée est fondée sur une approche empirique (connaissance du territoire) basée principalement sur un traitement géomatique, très peu de vérifications de terrain ayant été faites spécifiquement pour cette première cartographie.\n\nLe réseau écologique genevois comprend trois continuums permettant de regrouper l'essentiel des milieux naturels et semi-naturels genevois et les espèces qui y sont liées. Un continuum est un ensemble de milieux complémentaires utilisés de manière préférentielle par des groupes d'animaux et/ou de plantes (\"guildes\").\n\nPour définir les continuums, on se réfère aux besoins écologiques des espèces animales et végétales caractéristiques de chaque continuum, les \"espèces guildes\".\nCes guildes d'espèces comprennent à la fois des espèces rares et exigeantes (qui servent notamment à évaluer la valeur des milieux) et des espèces caractéristiques plus abondantes (qui servent surtout à évaluer la connectivité entre les sites).\n\nLes trois continuums sont\n- le continuum forestier (vert)\n- le continuum aquatique (bleu)\n- le continuum ouvert (jaune).\n\nOn notera que le continuum bleu regroupe les cours d'eau et les plans d'eau et marais, et le continuum jaune regroupe les milieux agricoles extensifs et les milieux prairiaux secs.\n\nChaque continuum contient trois types de zones distinctes :\n\n1. les zones nodales sont les milieux les plus favorables aux espèces de la guilde, y-compris les plus exigeantes. Elles correspondent généralement à des réserves biologiques ou des zones de protection particulière.\n\n2. les zones d'extension sont les milieux favorables à une guilde, fournissant une partie des espaces nécessaires à l'accomplissement des phases des cycles vitaux.\n\n3. les zones complémentaires sont des zones libres d'obstacle majeur, offrant des possibilités d'échanges entre les deux premiers types de zones.\n\nLes conflits, sont les obstacles au déplacement de chaque guilde (verte, bleue, jaune). 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